Hay varias historias sobre el origen del nombre de este país. Una de las más populares dice que en 1502, cuando Cristobal Colón casi naufraga por una terrible tormenta, exclamó: “¡Gracias a Dios hemos salido de estas honduras!”. En efecto, ‘honduras’, es un sinónimo de ‘profundidades’ (depth), y gracias a esta exclamación de alivio, el cabo donde desembarcó lleva el nombre de “Gracias a Dios” y el país, “Honduras”.
Sin embargo, algunos historiadores argumentan que no fue el propio Colón quien dijo esta frase, si no alguno de los otros exploradores españoles, como por ejemplo Juan Días de Solís y Vicente Yáñez.
Asimismo, antes de ser oficialmente proclamada como República de Honduras en 1862, este territorio fue conocido como Guaymuras, Hibueras, Cabo de Honduras e incluso Nueva Extremadura.